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博客文章

分子对接打分与生物活性的关系

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A:?#35805;?#34394;拟筛选的小分子结合能低,docking分数很不错但实际活?#22278;?#22909;是什么原因?反之如果活性好?#27169;?#19968;定结合的好吗?

B:docking分数好,结合能也不错,这和活性没有关系。活性好,也不一定就结合的特别好,还要考虑结合质量,还有假阳性的情况。最好测酶活以及Ki(Kd)。

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共价化合物的分子对接

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A: 有没有人做过共价化合物的分子对接?

B:薛定谔有,covalent docking。

A:有没有用过,结果可有价值?

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怎么确定小分子与蛋白的活性位点

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A:对接的时候,小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候,活性位点有很多,是选择什么样的位点对接呢?

B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系,再选择合适位点。

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如何提高虚拟筛选准确性?

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A:怎么提高虚拟筛选准确性?目前我已经对自己建立的3000多分子库做完对接了,现在想找可靠的分子。目前想到的方法是看有没有和关键氨基酸成键,然后统计,但是我觉得样本量太大了,如果聚类再挑选也同样面临这个问题。

B:写代码呀。不过也可以借助lewater来判断。科学网上开发者写过一个教程。ledock的虚拟筛选教程。

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分析相互作用的时候,范?#27809;?#21147;和静电力哪个更主导

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A:打扰一下,有做过药效团的大佬么,做药效团测试集的时候,怎么找一些阴性对照的小分子呢,?#35805;?#26159;怎么个经验?

B:我是从drugbank和pubmed一些药物数据库里找的。

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分子对接后还可以调整侧链方向吗

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A:请问分子对接后还可以调整侧链方向吗?

殷赋科技:调整氨基酸侧链?可以的啊,用你熟悉的软件,比如MOE,调整后对该氨基酸残基和附近若干受影响的残基(以及配体,如果配体有参与的话)进?#24515;?#37327;优化,其余部分保持固定。

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如何处理金属离子与配体之间的配位键?

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A:请教大家一个问题:在做对接模拟的过程中蛋白活性中心存在重要金属离子与配体之间的配位键相互作用,这个时候配位键应该如何处理?

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配体处理的时候,是加全氢还是极性氢?

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A:请教一个问题,配体处理的时候,是加全氢还是极性氢?感觉结果差距还挺大。

殷赋科技:先加全氢,再加电荷,再能量优化,再根据对接软件要求,生成相应的格式,vina要求配体是只含极性氢的pdbqt格式(电荷无所谓),DOCK6要求全氢带电荷的mol2格式。

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计算出来的ECD?#35745;?#35813;怎么调整?

以下是小殷整理的交流群的部分记录,交流群现已满,我们正在筹备第二个群,有兴趣的朋友可以在公众号回复“加群?#20445;?#39564;证后安排进群。

ECD?#35745;?#35843;整

A:各位老师好~我最近在计算ECD~算出来的?#35745;?#21644;实际?#35745;?#19981;能拟合~想请教一下如何解决~

殷赋科技:做构象搜索了吗,单构象不容易找到合?#23454;耐计住?/span>

A: 做了,用的是sybyl里面的随机搜索,然后,优化和计算后的文件,处理的时候做了波兹曼权重。

殷赋科技:那应该可以啊!

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先导化合物发现的进阶攻略

 

在每个新化学实体药物的发现之初,面临的首要问题就是如何找到药效模型证实这个分子与临床靶标的相互作用。纵观药物发现历史,同系物的结构修饰占主?#21152;?#21183;,即从已知活性的临床分子或者已上市产品的活性成分出发,进行结构修饰,获得与同源靶标结合更为特异性的分子。

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