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博客文章

如何提高虚拟筛选准确性?

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A:怎么提高虚拟筛选准确性?目前我已经对自己建立的3000多分子库做完对接了,现在想找可靠的分子。目前想到的方法是看有没有和关键氨基酸成键,然后统计,但是我觉得样本量太大了,如果聚类再挑选也同样面临这个问题。

B:写代码呀。不过也可以借助lewater来判断。科学网上开发者写过一个教程。ledock的虚拟筛选教程。

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分析相互作用的时候,范?#27809;?#21147;和静电力哪个更主导

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A:打扰一下,有做过药效团的大佬么,做药效团测试集的时候,怎么找一些阴性对照的小分子呢,?#35805;?#26159;怎么个经验?

B:我是从drugbank和pubmed一些药物数据库里找的。

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分子对接后还可以调整侧链方向吗

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A:请问分子对接后还可以调整侧链方向吗?

殷赋科技:调整氨基酸侧链?可以的啊,用你熟悉的软件,比如MOE,调整后对该氨基酸残基和附近若干受影响的残基(以及配体,如果配体有参与的话)进?#24515;?#37327;优化,其余部分保持固定。

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如何处理金属离子与配体之间的配位键?

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A:请教大家一个问题:在做对接模拟的过程中蛋白活性中心存在重要金属离子与配体之间的配位键相互作用,这个时候配位键应该如何处理?

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配体处理的时候,是加全氢还是极性氢?

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A:请教一个问题,配体处理的时候,是加全氢还是极性氢?感觉结果差距还挺大。

殷赋科技:先加全氢,再加电荷,再能量优化,再根据对接软件要求,生成相应的格式,vina要求配体是只含极性氢的pdbqt格式(电荷无所谓),DOCK6要求全氢带电荷的mol2格式。

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计算出来的ECD?#35745;?#35813;怎么调整?

以下是小殷整理的交流群的部分记录,交流群现已满,我们正在筹备第二个群,有兴趣的朋友可以在公众号回复“加群?#20445;?#39564;证后安排进群。

ECD?#35745;?#35843;整

A:各位老师好~我最近在计算ECD~算出来的?#35745;?#21644;实际?#35745;?#19981;能拟合~想请教一下如何解决~

殷赋科技:做构象搜索了吗,单构象不容易找到合?#23454;耐计住?/span>

A: 做了,用的是sybyl里面的随机搜索,然后,优化和计算后的文件,处理的时候做了波兹曼权重。

殷赋科技:那应该可以啊!

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先导化合物发现的进阶攻略

 

在每个新化学实体药物的发现之初,面临的首要问题就是如何找到药效模型证实这个分子与临床靶标的相互作用。纵观药物发现历史,同系物的结构修饰占主?#21152;?#21183;,即从已知活性的临床分子或者已上市产品的活性成分出发,进行结构修饰,获得与同源靶标结合更为特异性的分子。

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药物发现的新趋势

 

新药发现以?#26696;?#25104;本,高风险,周期长,低回报”著称,新药审批的数目递减与研发领域的成本递增之间的矛盾日益凸显,如何缩短研发周期、提高效率一直都是新药发现领域致力于解决的问题。令人?#32769;?#30340;是,在2014到2015年间,新药数?#23458;?#28982;有了实质性的增加,FDA仅在2015年就审批通过了51个新分子实体(new molecular entities, NMEs),是近66年来的一次高峰,而上次达到这个数目是在1950年。本文将通过分析这51个新药来解析药物发现领域的现有突破以及未来发展趋势。

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微信学术交流群之聊天记录(10)

以下是小殷精选的聊天内容,希望对各位知识的提升有所帮助。

分子对接相互作用研究

A:请问对于vina对接结果,再打分,有推荐的程序吗?谢谢老师。

殷赋科技:我们的计算平台?#24615;?#25171;分功能,vina对接结果可以用dock6的grid打分函数来评价。

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微信学术交流群之聊天记录(9)

 

验证化合物活性

A:想请教一下各位老师,我目前是?#36171;?#20102;一批化合物,并通过实验确定了具体的靶点,想走个好点的文章,想通过计算机这一块儿来引入,是如何找到的靶点,需要用计算机来做一些什么具体的工作,才能完整地说是先通过某个具体的靶点,设计了一批化合物,然后验证了改化合物的活性。

B:看几篇JMC的文章。

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