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PyMOL及其插件安装教程

PyMOL及其插件安装教程

在微信公众号(殷赋科技)首页回复“pymol”,即可获得以下软件、插件的百度云分享链接。

安装PyMOL软件

PyMOL软件是一款用Python语言开发的开源的分子三维结构显示软件,被广泛运用于科学研究与教育领域。它由Warren Lyford DeLano开发,现由Schrodinger公司提供技术支持。

这里介绍两种安装方法:

1、 使用绑定Python(这里以3.7版本为例)的PyMOL安装包安装

下载地址:

Windows版本:https://pymol.org/installers/PyMOL-2.3.1_0-Windows-x86_64.exe

Linux版本:https://pymol.org/installers/PyMOL-2.3.1_75-Linux-x86_64-py37.tar.bz2

Windows版本直接双击安装,Linux版本则是解压到任意有权限访问的目录,比如/home/yinfotek。

2、 使用Anaconda安装

Anaconda是一个开源的包、环境管理器,包含了大量安装好的Python工具包,非常便于科学计算编程和分析。

下载地址:https://www.anaconda.com/distribution/#download-section

其安装非常简单,这里以Python3.7版本为例。Windows下只要下载安装包Anaconda3-2018.12-Windows-x86_64.exe,双击即可;Linux下则使用shell运行安装脚本Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh,然后按照提示进行下去(假设安装目录为/home/yinfotek/anaconda3)。

注意,Linux下需要设置环境变量,如export PATH=/home/yifnotek/anaconda3/bin:$PATH

如果已经安装了Anaconda,那么,使用下面的命令来安装PyMOl就非常方便了。

Windows系统下,打开dos命令提示符,然后运行命令:conda install -y -c schrodinger pymol

Linux系统下,运行下面命令:conda install -y -c schrodinger pymol

如果出现下载超时,只要重试即可。或登录https://anaconda.org/schrodinger/pymol/files,下载pymol-2.4.0a0-py37_1.tar.bz2包,放至本地目录,再用conda命令安装:conda install -y –use-local pymol-2.4.0a0-py37_1.tar.bz2

安装center_of_mass.py插件

只要将center_of_mass.py文件复制到Python安装目录的Lib文件夹里即可。

Windows系统

若PyMOL安装在C:\User\yinfotek\PyMOL,则插件的放置目录是:C:\Users\yinfotek\PyMOL\Lib

若Anaconda安装在C:\Users\yinfotek\Anaconda3,则插件目录是:C:\Users\yinfotek\Anaconda3\Lib

Linux系统

若PyMOL安装在/opt/pymol,则插件目录为:/home/yinfotek/pymol/lib/python3.7

若Anaconda安装在/home/yinfotek/anaconda3,则插件目录是:/home/yinfotek/anaconda3/lib/python3.7

 


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