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微信学术交流群之聊天记录(10)

微信学术交流群之聊天记录(10)

以下是小殷精选的聊天内容,希望对各位知识的提升有所帮助。

分子对接相互作用研究

A:请问对于vina对接结果,再打分,有推荐的程序吗?谢谢老师。

殷赋科技:我们的计算平台有再打分功能,vina对接结果可以用dock6的grid打分函数来评价。

B:平台有没有辅助搜索蛋白位点的功能啊?

殷赋科技:平台上暂时还没有这个功能,可参考“如何确定对接口袋”或借助其他软件或网站。比如:http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/

A:有没有类似的可以给出vwd,hb等信息的?

殷赋科技:有?#27169;琩ock6的grid打分由vdw和ele两部分构成,hb归入ele。

B:@殷赋科技,想请教下您,这里的数?#36136;?#27688;基酸序列的排序吗?

殷赋科技:不是,下载TopN_pockets.pdb,用pymol打开,就看到很多一?#35759;?#30340;小球,其位置即为可能的口袋,那些数字只是对小球进行聚类分析的类的编号。

B:cdocker energy是相互作用能和分子内能的总和,这两个在对接的时候怎么才能判定分子和蛋?#23376;?#36739;好的结合?

殷赋科技:看结合模式,如果配体与口袋形状、静电互补,有较多相互作用,那么,打分自然也不会差。至于多少是标准,没有见到过。可?#22278;?#32771;教程例子的打分,就知?#26469;?#27010;是什么水平才算有较好的结合了。

B:@殷赋科技,是这样?#27169;?#25991;献显示用的是相互作用能和分子内能的总和,能量越低越好,文献中却用了相互作用能,我的对接的分子,有的内能总和非常低,但是相互作用能却表现得没有另一个分子的相互作用能好,但是另一个分子的内能却很高!所以,这个很矛盾!

C :不能只看对接打分?#27169;?#32508;合考虑就不矛盾啦!有些文献的实验方法好像都是为其好结果服务的。

殷赋科技:对,不能只看打分。打分是?#36824;?#20934;确?#27169;?#23588;其是比较活性接近的分子时。

D:大多数研究的是蛋白和小分子之间的相互作用,两个小分子之间的相互作用如何研究?

殷赋科技 :使用分子对接方法,将其中一个分子作为受体,另一个作为配体。如果作为受体的分子比较小,形成不了类似口袋那样的凹槽,那就用vina程序去做,如果可以(比如环糊精),就可以用vina或dock6去做。我们平台上有这个功能。如果要考虑两个配体间的诱?#35745;?#21512;构象变化,可以再加分子动力学模拟。以上是单个分子对单个分子的模拟。如果想考察两堆分子间的相互作用,则可设置一定大小的立?#25945;?#20869;按一定比例随机放置两种分子,然后进行动力学。

E:请问ds里面有个mcss是对接分子片段?#27169;?#37027;个片段可以自己把配体打碎生成吗?殷赋科技:MCSS=Maximum Common SubstructureF:MCSS有多种同样效果的方式实现,比如上海有机所王任小开的AutoT&T。所不同的是,AutoT&T先对化合物库进行虚拟筛选,再用逆合成分析组成新的分子。MCSS是先拆分成片段,再组成分子。所以AutoT&T的方法,可以对所有的基于对接虚拟筛选联用,读入虚拟筛选结果,就可以生成新分子。E:这个打碎看来是按照一定规律?#27169;?#19981;是单纯根据作用判断的是吧!

F:MCSS要读入片段。AutoT&T用反合成分析。

E:好?#27169;?#35874;谢,我最初是想把对接好的配体拆分成片段,就是比如什么酰胺键酯键才能打碎。

F:MCSS不了解如何?#35889;?#29255;段。其实,你不需要了解什么情况才可?#28304;?#24320;。你只要知道商品销售的化合物里所有键的?#38382;?#37117;是合理?#27169;?#22240;为他能合成出来卖给你,就不是不合理的。AutoT&T是根据反合成分析键匹配来裁剪分子,只要存在,就是合理。

E:再对接回去找到最好的取向。

F:AutoT&T就专门干你这活:在结合位点里将对接生成的pose数据库裁剪成片段,再组装成化合物。这是原始的文献,AutoT&T的算法文献。

Li, Y.; Zhao, Z.; Liu, Z.; Su, M.; Wang, R. AutoT&T v.2: An Efficient and Versatile Tool for Lead Structure Generation and Optimization. J. Chem. Inf. Model. 2016, 56 (2), 435–453.DOI:10.1021/acs.jcim.5b00691。

这个方法非常高效,1)比深度学习结构生成,基于片段的方法具有更好的合成可行性;2)废物利用,分子对接的结果大部分扔掉,没用,但是对接的pose只有一部分片?#38382;?#21305;配的比较好,把比较好的片?#38382;?#21035;出来,用来拼装新分子。虚拟筛选100万个分子,估计你只会用上其中200个不到。

F:深度学习,即使采用迁移学习,没有1000多个,也设计不出好的分子。如果你研究的靶标复合物晶体结构比较多,那问题更简单了:仅需要对蛋白进行叠?#24076;?#20960;秒钟就可以生成新结构了。连对接都不需要。

ECD,VCD,MCD

G:请问各位老师,哪里能测VCD?

H:南京大学,浙江大学,东北大学都?#23567;?/p>

G:有联系方式吗?H:之前有东北大学的联系方式,现在没有了。VCD在天然药化火了一小阵子。

I:VCD是什么缩写?详细一些。

殷赋科技:vibrational circular dichroism

C:圆二色谱?

J:那是CD吧?

K:加了vibration。

J:振动的圆二色谱。

殷赋科技:

电子圆二色谱 (Electronic Circular Dichroism,ECD),即天然药化常说的CD;

振动圆二色谱(Vibrational Circular Dichroism,VCD);

磁圆二色谱(Magnetic Circular Dichroism,MCD)。

H:VCD基于红外特征?#27169;?#23601;好理解为啥叫振动圆二色谱了。

H:这一台仪器好贵,貌似实用性也不强。

殷赋科技 :等冷冻电镜技术在天然产物领域推广开来,这些CD都弱爆了。

其他知识点

A:请问一下,amber这个软件是不是需要license才可以使用?

B:ambertools免费,但是不能使用gpu 计算效?#23454;汀?/strong>

A:也就是说amber是加了gpu运算能力,其他和ambertools一样吗?B:是的。

C:有没有会蛋白质那?#21482;?#22120;学习去?#21307;?#26500;域的?

D:有预测蛋白3d结构的。

C:找蛋白催化中心也可?#26376;?预测预测!

D:alpha-fold。

D:https://github.com/aqlaboratory/rgn

E:大家好,我是这个领域中的萌新,请教大家一个问题:Rosetta design在线中需要resfile文件,如何将自己建模的pdb文件转化成resfile呢?

F:resfile比较友好,编号是按照pdb id编号?#27169;?#20320;可以直接自己编写所需要设计的氨基酸位点突变?#27573;А?#21442;考www.olfija.tw 或关注微信公众号“殷赋科技”。我司建立了微信学术交流群,为生物医药领域的朋友搭建?#20302;?#20132;流的互动平台。想入群的朋友,请在微信公众号菜单栏输入?#20985;?#32676;”,根据提?#38745;?#20316;即可。


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