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分子对接后还可以调整侧链方向吗

分子对接后还可以调整侧链方向吗

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A:请问分子对接后还可以调整侧链方向吗?

殷赋科技:调整氨基酸侧链?可以的啊,用你熟悉的软件,比如MOE,调整后对该氨基酸残基和附近若干受影响的残基(以及配体,如果配体有参与的话)进?#24515;?#37327;优化,其余部分保持固定。

A:这个是模拟后的结果,但是我觉得天冬氨酸残基应该偏向?#35780;?#23376;。

下面是手动调整之后的侧链摆向,这样之后还需要继续模拟是吗?

殷赋科技:这个天冬氨酸应该是跟?#35780;?#23376;形成配位键的吧,在对接之前就应该把这部分弄好。调整后怎么做,我上面说了方法。

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A:分子对接大分子和蛋白,两者之间以何种化学键结合更好?激动剂和?#31181;?#21058;的要求不一样吧?

殷赋科技:两者以何种化学键结合更好,这个问题无解。要先搞清楚激动剂和?#31181;?#21058;的机理,有时候它们可能是同一个位点、是竞争关系,有时候是不同位点(别构位点)。这个不能在计算上给出答案,只能通过实验研究去了解机理,但是,计算可以协助解释(比如做分子动力学模拟,研究激动剂和?#31181;?#21058;/拮抗剂的结合模式区别)。所以,基本上,脱离了实?#26159;?#20917;,这个问题无解。

A:哦谢谢张老师,我之?#30333;?#20102;小分子与一个疾病的靶点的对接,大多是以范德华力和氢键结合,是与蛋白残基结合越多越好还是?不太懂,张老师能都推荐一些资料。

殷赋科技:结合越多,打分通常是越好的,但未必实际的生物活性越好,因为打分跟生物活性的相关?#22278;?#22823;。?#35805;?#30340;作用力都是疏水作用和氢键。如果足够好(打分好、结合模式好),就可以考虑做实验验证了。参考资料:《如何合理对待分子对接结果》。

B:请问从大分子和小分子对接出来的结果,怎么样才能知?#32769;?#20114;之间是什么作用力呢?比如怎么知道哪个是氢键或者疏水或者静电作用力。

殷赋科技:你用什么软件做的?商业软件?#35805;愣加?#24037;具可以显示相互作用,我们平台可以做对接,做完就有相互作用分析,作用力类型是最全面的。

B:Autodock。

殷赋科技:那就用DS来显示吧。我推荐用我们平台的Dock6方案,计算准确,分析功能齐全,作用力图可以直接下载下来发文章,?#21482;?#32773;按照这篇文章用pymol来做图。

C:张老师,如何能够快速有效的保留关键氨基酸残基?因为受体太大了,我想把不太关紧的去处,但是方法不得?#20445;?#32463;常删?#25509;行?#30340;残基。

殷赋科技:经常删?#25509;行?#27531;基,难道你要操作很多不同的蛋白么?不是的话,那我怀疑是操作问题。用DS、MOE之类的软件,将要保护的残基选上,然后反选。或者用我们平台,在定义受体的时候可以选择你要保留的残基作为受体那部分,或者干脆就给程序自己去处理,它会以口袋中心为中?#27169;?#21024;掉30A以外的残基,这样保证蛋白不太大,但避免?#21543;?#21450;无辜”。而对接后用来分析的蛋白,依然是完整的蛋白。

C:谢谢,?#20197;?#35797;一下平台。

D:?#24515;?#20301;老师知道如何在pymol中给配体显示电子云密度?

E:你是说xray的电子密度图吗?还是分子轨道理论里的电子出现的概率: 概率密度?

D:不是,自己设计的小分子对接到蛋白里,就a图里的样子。

E:这个是单晶xray实验数据,在rcsb上有下载链接,这个不是计算出来的。

F:@D选中配体,show mesh。

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A:薛定谔分子对接软件。如何批量修改导入分子的名字?

B:用EditPlus(共享)或者CrimsonEditor(开源/免费)这样的文本编辑软件。

Edit?#35828;?#19979;,有类似Find in files之类的功能,也就是对某目录下的多个文件的内容进行“查找、修改”。

?#35805;?#26159;用于编程?#20445;?#25913;变某个变量的名称,这个名称往往分布在多个源代码文件中。

如果是简单的“替换?#20445;?#37027;还比?#20808;?#26131;。

如果类似您这种情况,那还要用到“正则表达式”

————

有个取巧的办法:

即把

# Name: 1

替换为

# Name: m1

———–

话说回来,用文本编辑器,修改200个文件的内容,手工操作,10分钟而?#36873;?/p>

殷赋科技:@A这个问题还是笼?#24120;?#20030;例?#24471;?#20174;怎样修改成怎样才能帮到你。

A:@殷赋科技?sdf导入的名字?#23478;?#26679;。后面查找的时候有点乱。希望能够在这里或是导入?#26696;?#21464;下名字。

殷赋科技:这个名?#36136;?#20998;子的内部名,修改下就可以了,那你想改成什么?简单的编号1、2、3?还是其他名字?只要是有规律的,用Linux命令、python脚本都可以办到。

导入前是什么格式的文件?sdf和mol2文件格式不同,分子名的位置不同。

A: ?sdf,在sdf文件里面标柱或是不标注都没有用,用chembiodraw画出来的。

殷赋科技:你是画出来保存为sdf,然后再导入薛定谔吧,你可以改一下几个名字,看看有没有影响。是不是这些名?#36136;?#25991;件名?

A:对的。?#20197;?#32467;构下面标注名字没有用。

殷赋科技:那你可以将各分子分裂出来,成为一个一个文件,每个文件给予不同的编号。

A:我试试。主要是自己设计出的分子上千

殷赋科技:用Linux命令。

A:目前还没有用过命令。

殷赋科技:假设文件名是test.sdf,里面包含1000个一下的分子(即两位数)。

分割成每个文件的格式为split-*.sdf,*是数?#30452;?#21495;,比如split-0.sdf, split-1.sdf。

那么,Linux命令是:csplit test.sdf /\\$/+1 {*} -n2 -f split -b “-%d.sdf”。

产生的结果是,第一个分子是split-0.sdf,第二个是split-1.sdf,以此类推,最后一个文件是空文件,可以删掉。

注意命令中的空格和符号,不熟悉命令的人容易出错。

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A:有一条多?#27169;?#34987;拆分成两段,然后在体内通过实验方式让拆分的两段靠近,并正常行?#26500;?#33021;。有做过类似实验的吗?原文是利用tn7转坐插入的方式,筛选了几个候选位点,我的问题是有没有一种通过预测的方?#25945;?#21069;确定多肽?#24515;?#20123;可以拆分的点?

殷赋科技:如果知道它的靶标(蛋白),可以做对接、动力学,?#19994;接?#20851;键作用的“点”。

A:意思是切割多肽与配体结合的活性位点?

殷赋科技:将多肽与靶标蛋白对接,看看它是怎么结合的,确定多?#32435;?#20851;键的点。

A:一直不太会看受体配体结合的图怎么分析,怎么确定关键点,凭经验吗,有没有相关教程可以推荐一下呢。

殷赋科技:用我们平台就可以了,对接完就有相互作用分析,会显示出?#24515;?#20123;作用力。

A:有受体配体结合的图,不知道怎么确定关键点,刚接触不久。

殷赋科技:也可以用DS来显示,但没有我们平台显示得全面。有相互作用的地方就是关键的点咯。你?#21152;?#32467;?#36132;?#20102;,用DS显示一下不就好了,主要看氢键吧。这个它能显示出来。

A:多问一句,pymol能不能达到同样的展示效果。

殷赋科技:pymol可以显示氢键。

B:@A 蛋白质的?#20998;?#25490;。

A:?#35805;?#20687;抗有可变区,发生基因重排,能简单解释一下蛋白质的?#20998;?#25490;是什么意思[email protected]跟找蛋白质序列拆分位点有什么关系,或者有类似文献可以推荐一下。

B:我是?#30340;?#30340;改造思路有点像?#20998;?#25490;,你可以搜一下有人将荧光蛋白拆分后,两个片段重新在体内靠近时还会发荧光。

A:嗯,是的,这个了解,现在是在想通过预测的方式找多肽的拆分位点,然后去验证,两个片段空间上靠近也能行?#26500;?#33021;。

B:有结构的话你试试在loop区域切割。我没见过类似的预测方法,要么依靠直觉,要么依靠随机重排。

A:荧光蛋白确实拆分的比较多,有许多这样的专利。

B:如果是简单的环化是有一些算法与数据库,具体你要查一下。

A:好的,?#20197;?#21435;查一查,谢谢。


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