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怎么确定小分子与蛋白的活性位点

怎么确定小分子与蛋白的活性位点

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A:对接的时候,小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候,活性位点有很多,是选择什么样的位点对接呢?

B:?#30830;?#26512;你的化合物和已知底物的相似性关系,再选择合适位点。

A:我刚刚开始接触这些,不太懂,相似性关系是分析哪方面呢?

B:拓扑结构相似性,电荷分部的相似性。一类化合物能结合多个口袋的话,那结合就是竞争性的。挨个dock,最后把结果放在一起可以分析。?#37096;?#20197;先看一下文?#23376;?#27809;有特殊位点比如离子通道蛋白就有这种例子。主要看你的目标来定。

殷赋科技:看看我们公众号的文章,《如何确定对接口袋》。总的原则是,尽可能依靠来自实验或文献的信息来确定对接口袋,其?#38382;?#36719;件预测。如果没有任何信息可以帮助你选择或确定唯一的对接口袋,那就全部都用,分别做对接,再分析对接结果。有条件的,再做实验验证,比如定点突变。

Mr.Nerve-中国药科大学:使用薛定谔时,如何对某一部分进行片段取代,取代?#31579;?#31181;各样的基团,然后批量对接,这可以实现吗?

殷赋科技:MOE可以实现,不知道薛定谔能不能。

Mr.Nerve-中国药科大学:那我用MOE弄成sdf格式,然后批量对接对吗?取代片段可以自行选择吧,不一定要用内置库吧?

殷赋科技:?如果要用自己的片段库,需要处理成MOE能够使用的格式。请看MOE的说明。当然?#37096;?#20197;先生成化合物库再对接,这就跟?#35805;?#30340;对接流程没啥区别了。

 

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A:知道纳米材料的官能团和一段氨基酸序列,可以推测两者能不能发生相互作用吗?

B:可以。

A:怎么推测?

B:生物材料?

A:不知道,老板就给了官能团和氨基酸序?#23567;?/p>

B:我们组都是建模跑md,看结合能力

A:那段序列找不到模板建模,也不知材料结构。

C:同源建模需要模板,序列足够长时才能用; 序列短,不能用该方法。因为序列太短,不能满足Do Littles提出的同源家族判断标准。太短,也没有一定的稳定构象,而是柔性不断变化。很短的,按有机小分子进行构象搜索就可以。

A:是不是必须要建模,采用对接方式,让两者发生作用?那段氨基酸序列有50个氨基酸。

C:50个氨基酸做不了同源建模预测3d结构。做实验都比计算快,可以用核磁或生物质谱

A:那意思预测不了?

C:我是说同源建模没法做,可以试?#20113;?#23427;的方法。比如,你有核磁知道两个原子间距离,用距离约束再进行计算就会比纯计算准确

A:啥也没有,我连材料结构都不知道。

D:50个aa完全可以做de novo prediction。可以先做个二级结构预测,如果是coil居多,就不用提交robetta了

 

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A:各位老师,请问如何用MOE计算蛋白口袋氨基酸的序列一致性呢?

殷赋科技:在SEQ界面,找到alignment。

A:这个怎么看口袋附近氨基酸残基的一致性呢?

殷赋科技:选择口袋残基,看看是不是一样的,或者相似的,数值看alignment的similarity。

A:这样貌似是总体的值。

A:选择select就显示这样了。

B:点击similarity,Metric>similarity。

A:similarity也是一样呐。

B:是否同时选中了?#25945;?#38142;呢?

A:选中之后就出来了呢!

A:如果我想看口袋附近氨基酸残基的一致性呢?

B:Moe 叠合pockets, 需要在『align/superpose』做出调整。里面有多种option。自己尝试下就好了。

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