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共价化合物的分子对接

共价化合物的分子对接

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A: 有没有人做过共价化合物的分子对接?

B:薛定谔有,covalent docking。

A:有没有用过,结果可有价值?

B:我有替实验室师兄做过一次,挺大的天然产物去对接,全塞进腔里了,感觉有点不对劲。需要你去定义反应位点,以及化合物的反应基团及类型,比如迈克尔加成。

殷赋科技:@A 你要针对少数化合物进行对接还是大批量对接?处理方式可?#22278;?#21516;。少量的话,就可以重点研究每一个对接构象,批量的话,就不好一个一个看了。

针对少量化合物,我就用Dock6来做非共价对接,然后再挑选合适的Pose,手动连接形成共价复合物。

A:通过分子对接的方法,能不能判断与蛋白是否可以形成共价结合呢?

B:分子对接无法实现反应过程,能否形成还是得参考文献。

殷赋科技:共价结合的基础是合适的构象、反应部位靠近,部分反应需要水分子、金属离子或辅酶的参与。按照这个前提条件去过滤,可以把很大一部分化合物排除掉。剩下的,做QM/MM或者直接上实验吧。

尽管常规的分子对接无法实现反应过程,但可以帮助我们pass掉不能形成共价结合的分子。

 

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A:蛋白质配体复合物下载后,怎么分析各种化学键??#24515;?#20123;网站免费可以用?

B:化学键最好人工分析,主要通过原子之间的几何关系和原子性质去判断,不同软件之间定义键的标准都是有一些区别的。

C:简单软件MOE可以分析,pymol自身也有分析功能。具体在网上应该是可以找到相关教程的,或者查文献看看别人是如何做分析化学键的,但还是需要综合自?#21495;?#26029;,确认、分析、增补

D:pdb官网,提供晶体的ligand interaction。具体见预览图下方的3D view>Ligand interaction,基本够用。可以调整角度,位置,查看/隐藏键的类型。

 

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A:请教下,有没有可以把两段蛋白(pdb)直接脱水缩合拼在一起的软件?

B:我之前用过一个笨方法,modeller多模板同源建模,把拼接的序?#34892;?#36827;fasta,指定两个晶体结构就能做出来,但是需要优化,评分不是很好。

殷赋科技:如果脱水缩合的地方在空间上是紧挨着能够成建的,直接手动改下pdb文件,把两链改成一条链,或者用MOE合并链

C:请问,怎么计算B-factor,用DS和薛定谔可以计算吗?

D:B-factor可以直接从晶体结构里面提取。


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