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CADD计算平台1.0教程

云计算平台入口http://cloud.yinfotek.com

1.背景

 

本教程以丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase)B-Raf 为例,演示如?#38382;?#29992;“殷赋科技 Dock6 计算平台”(以?#24405;?#31216;“本平台”)进行蛋白-配体结合模式预测。

 

所用蛋白晶体结构为野生型 B-Raf(以?#24405;?#31216;“蛋白”)和抑制剂 BAY43-9006(以?#24405;?#31216;“小分子”)的复合物。通过本平台将小分子对接到 B-Raf ?#30446;?#34955;中,采用 RMSD 计算比较小分子的预测结构与晶体构象的差异,采用相互作用分析研究蛋白-小分子的结合模式。

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生物医药计算工具

分子对接(Molecular Docking)

AutoDock:http://autodock.scripps.edu/

AutoDock Vina:http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm

分子动力学(Molecular Dynamics)

Amber:http://ambermd.org/

Gromacs:http://www.gromacs.org/

NAMD:http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

可视化(Visualization)

Pymol:http://www.pymol.org/

Chimera:http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

VMD:http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

其它

Open Babel:http://openbabel.org/wiki/Main_Page



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